各国立大学法人に「役員」として、その長である総長及び監事２人、そして定められた員数以内の理事が置かれます。
総長及び理事で構成する会議を「役員会」といい、総長が、中期目標についての意見や、予算の作成・執行・決算などの重要事項について決定しようとするときは、その議を経なければなりません。
①「総長」
校務をつかさどり、所属職員を統督するとともに、国立大学法人を代表し、その業務を総理します。
総長の任命は、「総長選考会議」の選考による国立大学法人の申出に基づいて、文部科学大臣が行います。その任期は、２年以上６年を超えない範囲内で、「総長選考会議」の議を経て、各国立大学法人の規則で定めることになっています。
②「理事」
理事は、総長の定めるところにより総長を補佐し、総長に事故があるときは、その職務を代理し、総長が欠員のときはその職務を行います。
理事の数は定められており、九州大学の理事の数は８人以内です。
理事は、総長が任命します。任期は、６年を超えない範囲内で、総長が定めます。任期の末日は、その理事を任命する総長の任期の末日以前でなくてはならないとされており、総長が任期を終えると、理事の任期も終わります。
③「監事」
国立大学法人の業務を監査し、その結果に基づき、必要があると認めるときは、総長又は文部科学大臣に意見を提出することができます。その数は２人です。
監事は、文部科学大臣が任命します。任期は、２年です。
さらに、理事又は監事には、それぞれ任命の際、現にその国立大学法人の役員又は職員でない者、つまり学外者を含むこととされています。ただし、政府又は地方公共団体の職員（非常勤を除く）は、役員となることはできません。