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学務部
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- 施設企画課
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- 環境整備課
- 施設管理課
統合移転推進部
- 統合移転推進課
情報システム部
- 情報企画課
- 情報基盤課
- デジタル推進企画室
監査・コンプライアンス室 ※1

人文社会科学系事務部
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理学部等事務部
- 総務課
- 財務課
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医系学部等事務部
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- 学務課
病院事務部
- 総務課
- 経営企画課
- 医療管理課
- 研究支援課
- 経理課
- 患者サービス課
- 別府病院事務長
工学部等事務部
- 総務課
- 学術研究支援課
- 経理課
- 教務課
芸術工学部事務部
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- 学務課
農学部事務部
- 総務課
- 財務課
- 学生課
筑紫地区事務部
- 庶務課
- 会計課
- 教務課
附属図書館事務部
- 図書館企画課
- 収書整理課
- eリソース課
- 学術サポート課
- 利用者サービス課
- 図書館DX支援室

※1：事務局各課等及び部局事務部にまたがる特定の事務の処理を行う事務組織

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